Rahastojen ohjelmien toimeenpanon edistymistä seurataan eri tavoin. Keskeisessä roolissa on rahastojen seurantakomiteat, joiden tehtävänä on rahaston ohjelman toimeenpanon edistymisen seuraaminen. AMIF-, ISF- ja BMVI-rahastolla on kullakin oma seurantakomiteansa.
Seurantakomitea hyväksyy vuodesta 2023 lähtien vuosittain rahaston vuotuisen tuloksellisuuskertomuksen ennen sen toimittamista Euroopan komissiolle. Vuotuisessa tuloksellisuuskertomuksessa:
- arvioidaan edistymistä ohjelman toimeenpanossa ja tavoitteiden saavuttamisessa
- raportoidaan tuloksellisuuteen vaikuttavista seikoista sekä siitä, mitä niiden korjaamiseksi on tehty
- kuvataan rahastosta avustettujen toimien ja muiden unionin rahastoista myönnettyjen tukien välisestä täydentävyydestä
- raportoidaan ohjelmaa koskevien viestintätoimien toteuttamisesta
Lisäksi hallintoviranomaisen täytyy toimittaa Euroopan komissiolle kumulatiivisia tietoja ohjelman toimeenpanosta viisi kertaa vuodessa. Kumulatiiviset tiedot sisältävät koontitietoja avustetuista hankkeista ja toimista sekä indikaattoreista.