Rahastojen ohjelmien toimeenpanon edistymistä seurataan eri tavoin. Keskeisessä roolissa on rahastojen seurantakomiteat, joiden tehtävänä on rahaston ohjelman toimeenpanon edistymisen seuraaminen. AMIF-, ISF- ja BMVI-rahastolla on kullakin oma seurantakomiteansa.
Seurantakomitea hyväksyy vuodesta 2023 lähtien vuosittain rahaston vuotuisen tuloksellisuuskertomuksen ennen sen toimittamista Euroopan komissiolle. Vuotuisessa tuloksellisuuskertomuksessa:
- arvioidaan edistymistä ohjelman toimeenpanossa ja tavoitteiden saavuttamisessa
- raportoidaan tuloksellisuuteen vaikuttavista seikoista sekä siitä, mitä niiden korjaamiseksi on tehty
- kuvataan rahastosta avustettujen toimien ja muiden unionin rahastoista myönnettyjen tukien välisestä täydentävyydestä
- raportoidaan ohjelmaa koskevien viestintätoimien toteuttamisesta
Lisäksi hallintoviranomaisen täytyy toimittaa Euroopan komissiolle kumulatiivisia taloudellisia tietoja ohjelman toimeenpanosta viisi kertaa vuodessa. Kumulatiiviset taloudelliset tiedot sisältävät koontitietoja avustetuista hankkeista ja toimista sekä indikaattoreista.
Rahastojen vuotuiset tuloksellisuuskertomukset ja kumulatiiviset taloudelliset tiedot julkaistaan myös näillä verkkosivuilla.